ההפטרה – לפי מסקנת הבבלי מגילה ל״א. היא "הֲבֵן יַקִּיר לִי אֶפְרַיִם" ונוהגים להפטיר מירמיהו ל״א:א׳-י״ט . כך הוא בסדר רב עמרם גאון1 ובכמעט כל המקורות אחריו.סיבת בחירת ההפטרה – "משום זכור אזכרנו רחם ארחמנו" (רש״י מגילה ל״א. )וריאציה שונה של המנהג הנפוץ מנהגים אחרים מנהג ארץ ישראל הקדום בקטע גניזה 4 וב יוצרות ר' שמואל השלישי5 "תִּקְעוּ שׁוֹפָר בְּצִיּוֹן קַדְּשׁוּ צוֹם" (יואל ב׳:ט״ו-כ״ז ) 1 הוצאת מוסד הרב קוק עמ' קל"ט. וראה עוד ב. אליצור "הפטרות בחגים כמנהג בני ארץ ישראל" עמ. 10 ב"מחקרי תלמוד" ד כרך א' (תשפ"ד)3 חומש בץ"י בר אילן 1001.4 קטע גניזה גילוי מילתא (ע. שבט) לגבי קטע זה. וראה עוד בדברי אליצור.5 כרך שני , עמ' 912-913. אין הוכחה שזוהי פיוט ליום טוב שני של ראש השנה וגם חסר חלק אז לא ברור איפה ההפטרמסתיימת. וע"ע בדברי אליצור.